Hvem er Gormogon? Da sporene i en ellers rutinemæssig mordefterforskning peger i retning af en frygtindgydende kannibalsk seriemorder, står retsmedicineren og -antropologen Dr. Temperance ’Bones’ Brennan (Emily Deschanel) og hendes kollega, F.B.I. agenten Seeley Booth (David Boreanaz) pludselig over for en af deres karrierers mest skrækindjagende og grusomme sager. Mens de afslører alt fra undergrounds enstremister, seksuelle afvigere og forkullede lig, sætter de gang på gang deres tillid til Brennans videnskabelige evner, Booths utrolige instinkter og deres forrygende efterforsknings- hold. I 3. sæson af Bones forsøger Brennan og Booth at afsløre den chokerende sandhed bag et hemmeligt, århundreder gammelt selskab og standse Gormogon morderne… Før det er for sent!