Efter en hårdt tiltrængt pause vender den retsmedicinske antropolog Dr. Temperance Brennan (Emily Deschanel) og FBI Special Agent Seeley Booth (David Boreanaz) tilbage til The Jeffersonian Institute sammen med deres hold af efterforskere i en ny, humoristisk sæson fyldt med mord, mysterier, kontroverser og kemi! Ud over en bred vifte af personlige kriser, der spænder fra Angelas hemmelige graviditet til Booths nye forhold til en smuk reporter, skal holdet håndtere en kompleks bunke grusomme forbrydelser, bl.a. en morderisk chupacabra, en tur til Jersey Shore, ’The Gravediggers’ sidste bedrifter og en selvtægts-snigskytte med en dødbringende forbindelse til Booths fortid.