For 37.000 år siden blev en dødbringende hemmelighed begravet i en hule i Texas. Nu er hemmeligheden sluppet ud. Og det kan betyde enden på hele menneskehedens historie...
Da en terrorbombe sprænger en bygning i Dallas, Texas i luften, bliver FBI-agenterne Fox Mulder og Dana Scully draget ind i en farlig sammensværgelse, der langt overstiger det, de før har oplevet. Med tvivlsom assistance fra en paranoid læge (Martin Landau), sætter Mulder og Scully deres karrierer og deres liv på spil for at opspore en dødbringende virus, som måske stammer fra det ydre rum - og kan udslette alt liv på Jorden. Deres jagt på sandheden sætter dem op mod det gådefulde Syndikat, magtfulde mænd, der ikke viger tilbage for noget for at bevare deres hemmelighed, og agenterne føres fra en hule i Texas til FBI's egne kontorer og endelig til et hemmeligt anlæg på Antarktis, som gemmer på den største hemmelighed af dem alle.
