Invasionen af Bølle-Frøerne:
Nogle frøer fra Floridas sumpe er blevet forvandlet til halv-menneskelige skabninger, og ærkefjenden Shredder har nu travlt med at oplære dem i al sin ondskab.
De Stærkeste i New York:
Shredder er ondskaben selv. Han har stjålet planerne over storbyens computere og robotter i forsøg på at skabe en robothær, der skal tilintetgøre Ninja Turtlerne og plyndre alt af værdi i byen. Vore fire grønne helte bliver godt gale i skralden og drager i krig!
Shredder Går Over Stregen:
Shredder kidnapper turtlernes læremester Splinter for at lokke de fire grønne helte i en fælde. Turtlerne bliver fanget og opdager at Shredder i virkeligheden er Oruku Saki - manden der i sin tid hældte Mutagen i kloakken, så skildpadderne blev forvandlet til Ninja Turtles.
De Fire Muske-Turtles:
Turtle-helten Leonardo har fået et ordentligt gok i hovedet - og vågner op og tror, at han er en rigtig musketer. For at tage fis på ham, klæder de andre turtler sig i fjerhatte og sværd, parate til ædel duel mod de onde kræfter.
Rotternes Konge:
Mens hun er ved at skrive en historie til avisen, om storbyens rotteproblem, bliver April kidnappet af Rat King - rotternes konge. Splinter er blevet hypnotiseret og kan ikke hjælpe Ninja Turtlerne i deres redningsforsøg. Kan de fire grønne vildbasser klare ærterne alene?
Cowabunga:
Baxter er videnskabsmand og har udviklet en ny slags robot med en kæmpemund, som skal kunne fjerne alt byens skrald og utøj. Shredder får Baxter til at ændre lidt på robotten - og sender den på jagt efter en rotte - rotten Splinter!
